приложение для наблюдения архитектуры ЦП в числе

Вы могли создать пустые файлы со всеми возможными расширениями и назвать rsync с --ignore-existing.

find A -type f \( -name '*.flac' -o -name '*.m4v' -o -name '*.mp3' -o '*.ogg' -o '*.wma' \) \
     -exec sh -c '
  for base; do
    base=${base%.*};
    for ext in flac m4v mp3 ogg wma; do : >>"$base.$ext"; done;
  done' _ {} +
# Do the same on B …
rsync -a --ignore-existing A B

Можно интересоваться mp3fs, FUSE наращиваемая файловая система, которая обеспечивает представление дерева каталогов, где все звуковые файлы появляются как MP3. Я не думаю, что это особенно помогло бы с Вашим вопросом, но это может быть альтернативный способ решить Вашу проблему или иначе оказаться полезным.