Просто отбрасывайте вывод первой итерации.
top -bn2 | awk '/^top -/ { p=!p } { if (!p) print }'
Сбой здесь проблема синхронизации времени. Если время отключено - Kerberos генерирует ошибку Preauth (как здесь). Частично проблема заключалась в том, что порты NTP были заблокированы для внешнего мира.
Решением была ручная синхронизация со временем хоста Kerberos:
ntpdate -bs 10.x.x.x
# независимо от адреса локального сервера NTP