Можно добавить средство запуска к панели путем щелчка правой кнопкой по зоне свободной торговли на панели и выбора, "Добавьте к панели" и затем "Средству запуска Пользовательского приложения" (или если приложение уже присутствует в меню приложений, можно выбрать "Средство запуска Приложения" и затем выбрать приложение из меню).
Можно добавить запись в меню приложений путем щелчка правой кнопкой по нему и выбора "Меню Edit".
VMs не работают на X-сервере. Они работают на реальной машине. Можно перенаправить вывод к различным X-серверам, если Вам нравится.
На Virtualbox можно также использовать "бездисплейный" режим для VMs - они не будут использовать X-дисплей вообще.
Другая альтернатива могла бы использовать Xfvb
как X-сервер. Можно затем запустить VNC-серверные-процессы в VMs и подключении там.