Для ответа на одну часть вопроса можно использовать grep с флагом -F для сравнения разницы между двумя файлами. Затем я объединил это с -v, чтобы убрать разницу за то, что мне нужно;
grep -vxFf $TMPFILE001 $TMPFILE002 > $TMPFILE003
Можно использовать ProxyCommand с SSH.
В ssh конфигурации (~/.ssh/config):
Host remotehost.com
ProxyCommand ssh user@jumphost.com -W %h:%p
Затем выполнить команду:
ssh remotehost.com 'shellscript.sh'