Как повторно смонтировать файловую систему при выходе из системы?

Одна из проблем с командой chown (но на самом деле, это связано с системным вызовом chown()) заключается в том, что в качестве меры безопасности она удаляет биты setuid и setgid в разрешениях.

Это также не распространяется на ACL.

Для работы с этим можно использовать rsync на каталоге поверх себя в режиме update и с опцией --usermap:

$ ls -ln
total 6732
-rwsr-xr-x  1 1002 1000 6888896 Nov  3 21:50 a
drwxr-xr-x+ 2 1002 1000    4096 Nov  3 21:46 x

$ getfacl -n x
# file: x
# owner: 1002
# group: 1000
user::rwx
group::r-x
other::r-x
default:user::rwx
default:user:1002:rwx
default:group::r-x
default:mask::rwx
default:other::r-x

$ sudo rsync -rAau --usermap=1002:1000 . .

$ ls -ln
total 6732
-rwsr-xr-x  1 1000 1000 6888896 Nov  3 21:50 a
drwxr-xr-x+ 2 1000 1000    4096 Nov  3 21:46 x

$ getfacl -n x
# file: x
# owner: 1000
# group: 1000
user::rwx
group::r-x
other::r-x
default:user::rwx
default:user:1000:rwx
default:group::r-x
default:mask::rwx
default:other::r-x

1002 изменено на 1000 как в владельцах файлов, так и в записях ACL.

Она также корректно обрабатывает сим-ссылки.