Как переустановить склонный на Debian?

Можно сказать wget включать или исключать файлы и каталоги на основе подстановочных шаблонов. Непротестированный:

wget -R \
  -X '/*/?*dna,/*/pep' \
  -A '*toplevel*' -R '*_rm.toplevel*' \
  ftp://ftp.ensembl.org/pub/current_fasta/

Для FTP wget не является лучшим инструментом для сложного извлечения. Wget знает, как перейти по ссылкам в веб-странице, но это не важно для FTP. Я рекомендую монтировать FTP-сайт как каталог с AVFS, CurlFtpFS или некоторой другой файловой системой FUSE, и использовать cp или rsync. С AVFS:

mountavfs
ls ~/.avfs/\#ftp:ftp.ensembl.org/pub/current_fasta/homo_sapiens

С CurlFtpFS:

mkdir ~/current_fasta
curlftpfs ftp://ftp.ensembl.org/pub/current_fasta/ ~/current_fasta
ls ~/current_fasta/homo_sapiens

Скопировать файлы в любой оболочке:

for x in ~/.avfs/\#ftp:ftp.ensembl.org/pub/current_fasta/*/dna/*toplevel*; do
  case $x in *_rm.toplevel*) continue;; esac
  species=${x%/dna/*}; species=${species##*/}
  cp -p "$x" "$species.fa.gz"
done

Или в zsh:

autoload zmv
zmv -C '~/.avfs/\#ftp:ftp.ensembl.org/pub/current_fasta/(*)/dna/*toplevel*~*_rm.toplevel*' '$1.fa.gz'