Как я могу сделать rsync, который просит подтверждение для каждого отдельного файла?

Унисон предназначен для двунаправленного rsync. Тем не менее, вы можете использовать его в одном направлении, если хотите. Unison предлагает вам решить, что делать для каждого файла; Нажмите > , чтобы скопировать вперед или / , чтобы пропустить файл. Есть также графический интерфейс, если вы предпочитаете это.

В качестве альтернативы вы можете связать файлы в зону постановки, затем синхронизируйте область хранения и очистите ее.

mkdir staging
for x in files_to_mostly_copy/*; do
  printf "Copy %s? " "$x"
  read response
  case "$response" in
    [Yy]*) ln "$x" staging/;;
  esac
done
rsync -au staging/ remote_server:
rm -r staging