Можно сделать это с помощью Tie::File
модуль, который связывает строки файла с переменной типа массив:
perl -MTie::File -e '
tie @lines,"Tie::File","your_file_here";
$last_line = pop @lines;
splice @lines,1,0,$last_line
'
Связанная переменная (@lines
) становится волшебным в том смысле, что безотносительно операций над массивом Вы выполняете на нем, влияют на строки файла, с которым это связывается.