Дуга Linux openSSH часто отбрасывает соединение
Вы получаете эту ошибку если ~/.emacs.d существует, но не каталог, читаемый Вашим пользователем. От частичного вывода ls -la ~/.emacs.d Вы дали, кажется, что Вам так или иначе удалось получить a .emacs.d каталог в корневом каталоге Вашего пользователя это принадлежит корню и не имеет никакого разрешения для Вашего пользователя.
Вы могли попробовать (как корень)
chown -R user:yourgroup /home/user/.emacs.d
где user Ваше имя пользователя и yourgroup основная группа Вашего пользователя.
Вы должны установить
TCPKeepAlive yes
на вашем клиенте /etc/ssh/ssh_config или ~/.ssh/config, или /etc/ssh/sshd_config на вашем сервере. Я запускаю VMs и ssh из них, с этой настройкой у меня не было никаких повторяющихся проблем.
Вы также можете увеличить лог-уровень, запустив сервер с помощью -v, или (часто проще) добавить DEBUG уровня журнала к вашему /etc/ssh/sshd_config (есть также DEBUG2 и DEBUG3 (см. man sshd_config).