синтаксис sed для удаления 2 символов только, когда это - поле и пространство

Может быть проще с awk :

awk '{
       if (/^□ /) printf "%s", (NR>1?"\n":"") substr($0,3)
       else printf " %s", $0
     }
     END {if (NR>0) print ""}'

Если ваш файл небольшой и вы можете загрузить его прямо в память, это должно сработать:

$ perl -000pe 's/\n([^□])/ $1/g; s/^□ //mg;' raw.txt 
I have box and space in front
I am a large line which will et appended to next line.
I am another line.

-000 активирует режим абзаца и (при условии, что в вашем файле нет последовательных символов новой строки) загрузит весь файл в специальную переменную $ _ . Затем вы выполняете необходимые замены, и -p вызывает автоматическую печать $ _ .