Как часто/etc/shadow файл сохранен?

Вы ожидаете что все команды после ssh "$server" быть выполненными в ssh? Это не то, как это работает. ssh с именем хоста и никакими другими аргументами запускает интерактивную сессию. После того, как это выйдет, сценарий продолжает следующую команду (exec < filelist.txt). Это не удаленная команда в ssh; ssh делают и уводят к этому времени команда после того, как это будет достигнуто. Это - просто нормальное последовательное выполнение содержания сценария.

Интерактивные ssh сессии с перенаправленным stdin несколько необычны. Вот почему Вы получаете предупреждение. (Устранить предупреждение Вас может использовать -t или -T)

Если Вы хотите передать большой сценарий по соединению SSH и выполнить его удаленно, можно сделать это со здесь документ, как это:

ssh "$server" sh <<EOF
your big script here...
EOF

Обязательно тщательно рассмотрите, какие переменные должны быть расширены локальным сценарием и который должен быть расширен во время выполнения удаленного сценария. Незащищенное $ в heredoc будет расширен локально. Для защиты его так, удаленная оболочка видит a $, использовать \$. Если Вы хотите всех их защищенных, можно измениться <<EOF кому: <<'EOF'.