В целом необходимо или выйти из пробелов с обратными косыми чертами () или перенести путь в любой одинарные кавычки (') или двойные кавычки (").
$ retroarch "$*" -c /tmp/retroarch/Data/retroarch/gambatte.cfg
Если Вы надеетесь, что сможете выполнять команды в Вашем i3-конфигураторе, указанном в упомянутом Вами скрипте, то это не сработает. Похоже, что вы надеетесь разбить ваш конфигурационный файл на несколько небольших скриптов оболочки; это также не сработает. Если вы хотите, чтобы i3 знал о наборе связок ключей любым разумным способом, вы должны поместить их прямо в ваш конфигурационный файл.
Если, с другой стороны, вы просто хотите запустить скрипт оболочки при запуске i3, это довольно просто. Всё, что вам нужно сделать, это использовать хорошо документированную команду [1178896] [1179314]exec[1179315] [1178897] (я думаю, это будет выглядеть примерно так):