Как внутри работает системный вызов getdents ()?

Из-за ограниченных вычислительных ресурсов стыковка не является детерминированным процессом. Каждый раз, когда вы запускаете стыковку, вы получаете немного другой результат. Это связано с тем, что доступное пространство для вставки лиганда в карман для связывания на самом деле огромно, то есть существует почти бесконечное количество способов изменить конформацию лиганда и вставить его в карман для связывания. Очевидно, что компьютер не может генерировать бесконечные конформации, поэтому он отбирает возможные конформации, генерируя гораздо меньшую подвыборку, что и является результатом стыковки, который вы видите. Эта подвыборка должна представлять все возможные позы стыковки, но точное содержание подвыборки каждый раз будет разным.