LibreOffice Draw может читать в формате PDF, а затем накладывать на него графические объекты. Документацию можно найти по адресу https://wiki.documentfoundation.org/Documentation/Publications#LibreOffice_Draw_Guide, а краткий обзор — по адресу https://www.techrepublic.com/blog/tr-dojo/edit-pdf-documents-with-libreoffice-draw/
.
Поскольку вы работаете со слоями, при желании вы можете подготовить презентацию заранее, сохранить каждую фазу в отдельном слое и перемотать только на начальный слой перед началом презентации; затем, по мере прохождения презентации, снова добавляйте слои. Вы также можете сохранить слои, созданные спонтанно во время презентации, для использования в будущем. Удобно.