Попробуйте это,
find folder[1-3] -type f -name '*.gz' | while read -r FILE; do cp "$FILE" "${FILE//\//_}"; done
folder[1-3]
местоположение источника. -type f
поиск только файлов. -name '*.gz'
суффикс имени файла с .gz
. ${FILE//\//_}
замените '/' на подчеркивание.