Как обновить пакеты, откуда они были установлены?

Поскольку вы используете опцию -R(--relative), иерархия исходного каталога будет записана в /path/to/destination/folder/path/to/source/folder.

Чтобы сделать /path/to/destination/folderкопию /path/to/source/folder, используйте

rsync -av /path/to/source/folder/ /path/to/destination/folder

Обратите внимание, что я удалил параметр -Rи добавил /в конец исходного пути. Без /в конце исходного пути исходный каталог был бы скопирован как /path/to/destination/folder/folder.

Добавьте --deleteк команде, если вы хотите удалить файлы, не существующие в исходном пути . (При экспериментировании всегда используйте копии данных или данные, резервные копии которых должным образом!)