подпроцесс активирует среду conda из скрипта python

Для

apt-get install linux-headers-$(uname -r)

для работы вам необходимо запустить ядро, которое все еще доступно в репозиториях дистрибутива; в большинстве случаев это в основном означает, что вам необходимо использовать последнее поддерживаемое ядро ​​для вашего дистрибутива.

В Debian самый простой вариант —

apt-get update
apt-get install linux-image-amd64 linux-headers-amd64

(приспособьтесь к вашей архитектуре ), чтобы получить текущее ядро ​​и соответствующие заголовки, затем перезагрузитесь.