Разница между использованием ЦП в верхней части и /proc/stat

Начальное количество жестких ссылок равно 1 для файла и 2 для каталога (первая ссылка — его имя в родительской папке, а вторая жесткая ссылка — .). Счетчик ссылок для каталога увеличивается на единицу каждый раз, когда в нем создается подкаталог (из-за ..в каждом подкаталоге ).

Этот счет можно легко просмотреть с помощью ls -l. Это второе значение. Смотри:

~/x$ ls -la
total 16
drwxr-xr-x  2 tomasz tomasz 4096 Sep 24 00:08.
drwxr-xr-x 54 tomasz tomasz 4096 Sep 24 00:11..
-rw-r--r--  1 tomasz tomasz   19 Sep 23 18:45 1
-rw-r--r--  1 tomasz tomasz   19 Sep 23 18:45 2
~/x$ mkdir d
~/x$ ls -la
total 20
drwxr-xr-x  3 tomasz tomasz 4096 Sep 24 00:11.
drwxr-xr-x 54 tomasz tomasz 4096 Sep 24 00:11..
-rw-r--r--  1 tomasz tomasz   19 Sep 23 18:45 1
-rw-r--r--  1 tomasz tomasz   19 Sep 23 18:45 2
drwxr-xr-x  2 tomasz tomasz 4096 Sep 24 00:11 d
~/x$ mkdir d/dd
~/x$ ls -la
total 20
drwxr-xr-x  3 tomasz tomasz 4096 Sep 24 00:11.
drwxr-xr-x 54 tomasz tomasz 4096 Sep 24 00:11..
-rw-r--r--  1 tomasz tomasz   19 Sep 23 18:45 1
-rw-r--r--  1 tomasz tomasz   19 Sep 23 18:45 2
drwxr-xr-x  3 tomasz tomasz 4096 Sep 24 00:11 d

Второе значение для dувеличилось с 2 до 3 после создания в нем d/dd.

См. комментарии mosvy ниже для более широкого обзора.