Вы можете добиться этого с помощью Perl как:
perl -pi -e 'chomp if eof' myfile
По сравнению с truncate
или dd
это не оставит вас с испорченным файлом, если myfile
на самом деле не имеет завершающих строк новой строки.
(ответ построен из комментария и на основе этого ответа)