Освободить пространство mysql на низком -диске ПК

Нет простого способа выполнить оптимизацию с ограниченным пространством для хранения или с любым разумным запросом, если на то пошло, потому что у вас может закончиться свободное место во время выполнения запроса. У вас есть два варианта:

Смонтируйте диск NFS с удаленной машины и укажите на него tmpdir mysql. Или Укажите tmpdir mysql на /dev/shm. Будьте очень осторожны с этим и всегда делайте резервную копию перед выполнением таких операций