Как упомянул @msp9011, вам, вероятно, нужно поменять местами ? с *, чтобы разрешить сопоставление нескольких символов.
Подстановочные знаки обсуждает взаимопроникновение bash подстановочных знаков. Заявление ? «может представлять любой отдельный символ», а *«может представлять любое количество символов»
$ cat run.sh
#!/bin/bash
#cleans blank rows
sed -i '/^$/d' file*.csv
$ cat file_201909091143.csv
line1
line3
$./run.sh
$ cat file_201909091143.csv
line1
line3