Невозможно удалить каталог

В вашем выражении

 "cat my.log | grep @ | tail -n 1 | awk '{ print $3 }'"

...двойные -кавычки вокруг этой строки означают, что одинарные -кавычки рассматриваются как литералы. Они не защищают $3от оболочки, поэтому он расширяется как переменная среды. Поскольку $3на самом деле не определяется оболочкой (, если это не находится в сценарии, который вы вызвали с 3 аргументами ), он становится пустой строкой, а выражение awkпросто { print }, печать всей строки.

Это можно исправить, выйдя из$:

ls *.csv | xargs -I@ bash -c "cat my.log | grep @|tail -n 1|awk '{print \$3}'"

...или переместив awkиз выражения xargs:

ls *.csv | xargs -I@ bash -c "cat my.log | grep @|tail -n 1"|awk '{print $3}'