Хорошо, я опубликую решение. В данном случае это был сетевой каталог /mnt/backup, смонтированный поверх локального каталога /mnt/backup. после размонтирования с помощью
umount /mnt/backup
он показал локальный каталог, занимающий 45G, заполненный резервными копиями:
cd /mnt/backup/
du -h
39G ./servers-unix-hq/sugar.gnsa.local
39G ./servers-unix-hq
4.5G ./db-mysql-hq/sugar.gnsa.local
4.5G ./db-mysql-hq
44G
Я удалил несколько старых резервных копий, и теперь MySQL может запускаться.