Как отслеживать активность всех клиентов WireGuard, подключенных к серверу?

Оба варианта верны. Это зависит от того, какой менеджер пакетов вы хотите отслеживать для этого пакета:aptили pip.

Какой бы из них вы ни выбрали, вам нужно будет обновить его оттуда в будущем. Этот вопрос основан на мнении. На мой взгляд, я бы установил его с apt. Таким образом, всякий раз, когда вы обновляете всю свою систему,пакет/модуль virtualenvpython также будет обновлен.