Снятие защиты от записи с флешки

Я бы просто отсортировал по 2-му и 3-му полям напрямую и прошел через awk, чтобы сохранить максимальное значение:

$ sort -k 3,3nr -k 5,5rn input | awk '!a[$3]++' 
SMURF1  7   99143726    GACAGATTGG  74
CSNK1D  17  82251379    AATTTAGCCA  68
UBE2Z   17  48910880    CTAAGGATCC  48
AC003665.1  17  47813266    AGCAGGCGCA  83
RIOK3   18  23453502    GCAAGACTTT  69

Это имеет то преимущество, что сортирует файл только один раз, а также не требует хранения всего файла в памяти. Тем не менее, я ожидаю, что awk-подход Icarus будет быстрее, поскольку ему нужно прочитать файл только один раз.