В данном случае да. apt-get install linux-image-$(dpkg --print-architecture)
установит метапакет, зависящий от последнего ядра для данной архитектуры. Формат пакета.deb не позволяет указать зависимости, зависящие от архитектуры.
Да, после того как вы скомпилировали библиотеки и установили созданные двоичные файлы в каталоги назначения, вы можете безопасно удалить исходный каталог. Обратите внимание, однако, что иногда все же удобно хранить их, поскольку они могут содержать дополнительную документацию или примеры использования -, а в некоторых случаях вам может потребоваться их перекомпилировать.