Проблема заключалась в том, что CLI использовал правильную версию PHP для запуска скрипта, но cron использовал другую (неправильную )версию. Не уверен, почему это происходит, но решение состояло в том, чтобы запустить команду немного по-другому, чтобы вызвать правильную версию PHP;
cd /home/account/public_html/phpredmin/public/ && /opt/alt/php56/usr/bin/php index.php cron/index
Необходимо использовать шрифт, содержащий все нужные значки. Если вы сомневаетесь, в настройках профиля gnome-terminal
вы увидите шрифт, который он использует.
Используйте этот же шрифт в вашей IDE. (Я не знаком с Atom Platformia IDE, но могу поспорить, что шрифт терминала либо настраивается через какой-то диалог, либо просто устанавливается где-то в файле CSS.)