Если вы хотите ограничить сравнение только вторым полем с разделителями, вы можете использовать awk вместо grep:
$ awk -F'|' 'NR==FNR {a[$1]++; next} !($2 in a)' input.txt data.txt > output.txt
$ cat output.txt
ESP|041336|46566|NY|CA
ESP|041340|46566|NY|CA
ESP|041341|46566|NY|CA
Убедитесь, что выходные данные pacman -Q linux linux-headers
совпадают. Если нет, выполните обновление системы с помощью pacman -Syu
, чтобы заголовки ядра и ядра совпадали. См.https://wiki.archlinux.org/title/System_maintenance. После этого перезагрузите систему. Это решит проблему.