Linux в Active Directory :Постоянные пользователи

Вы можете использовать ACL(setfacl); что может предотвратить проблемы премиссии.

В качестве альтернативы можно загрузить файлы в новую пустую папку, а затем заменить старую папку. Это можно сделать атомарно, перезаписав символическую ссылку на эту папку (ln -sf).