Обновляются ли приложения без метапакетов?
$ sed 's/^\(@.*\)+.*$/\1/' file.fastq >new-file.fastq
Это удалит последовательность праймера и + из этих линий.
Он найдет все строки, начинающиеся с @ и содержащие знак + . Он заменит строку только битом перед знаком + , а остальное отбросит.
Входные данные поступают из file.fastq , а выходные данные идут в new-file.fastq .
Следующее является немного более ограничительным, поскольку оно явно соответствует символам, которые вы упомянули после + :
$ sed 's/^\(@.*\)+[ACGTN]*$/\1/' file.fastq >new-file.fastq
Любой пакет, установленный с помощью диспетчера пакетов дистрибутива, будет продолжать получать обновления (при условии, что обновления доступны), независимо от того, как он был установлен. Таким образом, в вашем случае все пакеты, загруженные ubuntu-mate-meta , будут продолжать получать обновления, даже если вы удалите ubuntu-mate-meta .
Обратите внимание, что вам, вероятно, потребуется пометить все эти пакеты как «неустановленные автоматически», используя aptitude (клавиша m ) или apt-mark manual. , если вы хотите избежать их удаления при следующем запуске apt-get auto-remove или чего-то подобного.
Между прочим, ubuntu-mate-meta не был удален , потому что менеджер пакетов посчитал, что он не использовался; он был удален, потому что он зависит от hexchat , поэтому он не может оставаться установленным, если hexchat удален - если вы скажете менеджеру пакетов удалить hexchat , он предполагает, что вы действительно этого хотите, и удалите ubuntu-mate-meta (после запроса подтверждения).
Причина, по которой в метапакетах упоминаются обновления, связана с ситуацией dist-upgrade , где добавлены новые пакеты как зависимости, а старые пакеты удалены из репо (или должны быть удалены из-за конфликтов).
Обычно это происходит при обновлении до новой версии ubuntu (например, 16.04 -> 16.10). Это гораздо реже при обновлении ubuntu в той же версии. В версии ubuntu это особенно маловероятно для метапакета.
Например, в Debian пакет iceweasel был заменен на firefox. (Никаких дополнительных обновлений безопасности для iceweasel выпущено не было). Но замена и обновление все равно будут происходить независимо от того, был ли iceweasel установлен метапакетом для среды рабочего стола.