% dd conv=ascii << "EOT" | hexdump -C
#!/usr/local/bin/bash
echo My script has the letter M in it.
EOT
0+1 records in
0+1 records out
61 bytes transferred in 0.000029 secs (2097152 bytes/sec)
00000000  83 81 07 bf bd bc 07 25  3f b3 2f 25 07 b2 b9 3e  |.......%?./%...>|
00000010  07 b2 2f bd b8 8e b5 b3  b8 3f 80 28 60 80 bd b3  |../......?.(`...|
00000020  bc b9 ba be 80 b8 2f bd  80 be b8 b5 80 25 b5 be  |....../......%..|
00000030  be b5 bc 80 28 80 b9 3e  80 b9 be 06 8e           |....(..>.....|
0000003d
%
Ваш файл, содержащий скрипт, закодированный в (скорее всего )UTF -8 или Latin -1, выглядит как тарабарщина в системе, где текст закодирован в EBCDIC. Вам нужно повторно -закодировать его в EBCDIC. 
Различные функции z/OS будут выполнять (ограниченную форму )этого преобразования автоматически для вас, если вы дадите им соответствующее указание, включая управляемую передачу файлов. Вы сами передаете текстовый файл, встроенный в ustar-архив, поэтому вам придется самостоятельно -перекодировать кодировку, почти наверняка не только этот файл. 
Дополнительная литература 
"Распространенные проблемы с MFT ". IBM MQ 9.0.x . ИБМ. 
"_BPXKпеременные окружения ". Системные службы z/OS UNIX . GA32 -0884 -00. IBM. 2014. 
https://en.wikipedia.org/wiki/Managed_file_transfer