У Konsole нет разрешения на сохранение этого профиля в /home/aravindakrishnan/.local/share/konsole/Profile 2.profile

Попробуйте:

$ awk '{print $1; for (i=1;i<=length($2);i=i+60) print substr($2,i,60)}' file
>Directory1/file3
CTTSCCCTTTTTSEEEEECGGGSCEEEEECCCSSBCCCSCCCCCTTTCCCCCCCCSCBCC
CCCCCCSCTTSCCCTTTTTSEEEEECGGGSCEEEEECCCSSBCCCSCCCCCTTTCCCCCC
CCSCBCCCCCCCCSCTTSCCCTTTTTSEEEEECGGGSCEEEEECCCSSBCCCSCCCCCTT
TCCCCCCCCSCBCCCCCCCCS
>Directory1/file4
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA
AAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA

Как это работает:

1. print $1

   Печатает первое поле в строке.

2. for (i=1;i<=length($2);i=i+60) print substr($2,i,60)

   Для второго поля в строке мы печатаем по 60 символов за раз, пока не достигнем конца поля.