Если вы установили Python 3.9 из исходного кода, у вас должен быть модуль ensurepip
.
Просто запустите python3 -m ensurepip
и готово.
Кстати, установка из исходного кода не рекомендуется, потому что люди обычно не обновляют свои установки до даты -до -, как в случае с Python 3.9.0.