Вопросы Теги

Как обработать все файлы в папке с кодом на питоне

попробуй 

pv /dev/zero >/dev/null
2
29.11.2019, 14:43
2 ответа

С функцией Pythonos.scandir:

#/usr/bin/python

from Bio import SeqIO
from os import scandir

with scandir() as it:
    for entry in it:
        if entry.name.endswith('.gbk') and entry.is_file():
            count = SeqIO.convert(entry.name, 'genbank', '{}.fasta'.format(entry.name[:-4]), 'fasta')
            print("Converted %i records" % count)
0
27.01.2020, 22:24

Вы можете использовать этот код:

import os 
from Bio import SeqIO

for filename in os.listdir('.'):
  if filename.endswith(".gbk"):
    count = SeqIO.convert(filename, “genbank”, "{}.fasta".format(entry.name[:-4]), “fasta”)
    print("Converted %i records" % count)

БР,
Шахар

0
27.01.2020, 22:24

Теги

Похожие вопросы