Почему в соответствии с "getent passwd" существует две учетные записи root и none?

Причина двух записей в том, что NSSимеет как passwd, так и systemdв качестве источников.

Вы можете увидеть это в файле /etc/nsswitch.conf. Последние две строки, содержащие rootи nobody, которые возвращаются getent passwd, являются динамическими пользователями, созданными systemd, тогда как первые экземпляры двух пользователей взяты из /etc/passwd.