Вам необходимо сгенерировать новый ключ:
ssh-keygen -t rsa -f.ssh/id_rsa2
Скопируйте ключ на удаленный хост:
ssh-copy-id -i.ssh/id_rsa2.pub name@host
И вуаля
Вы можете найти расположение команды загрузки в скрипте и закомментировать его. Загрузите его на свой компьютер и загрузите в папку, указанную в соответствующем скрипте на сервере. Затем продолжите выполнение скрипта.