Debian, apt -get :как мне навсегда игнорировать НЕТ _PUBKEY?

В вашем примере сценария у вас есть:

egrep -o -f regex1 "$file" > regex1/"${file%.*}"_regex1.txt
egrep -o -f regex2 "$file" > regex2/"${file%.*}"_regex2.txt

Но тогда ты спрашиваешь:

For each file. How can I set the output do go into docs/regex1 instead of trying to go to regex1/docs?

Вы явно помещаете regex1в начало пути, на который перенаправляете вывод. Просто исправьте это, чтобы оно соответствовало тому, что вы хотите, и удалите ведущий путь из$file:

egrep -o -f regex1 "$file" > docs/regex1/"$( basename "${file%.*}" )"_regex1.txt
egrep -o -f regex2 "$file" > docs/regex2/"$( basename "${file%.*}" )"_regex2.txt