принадлежащая gdm -оболочка /usr/bin/gnome -потребляет все больше резидентной оперативной памяти в pop!os 20.04 :процесс не должен существовать

Использование скрипта awk:

NR == FNR       { seq[++n] = $1; next }

{
    header = $0
    getline

    for (i = 1; i <= n; ++i) {
        if (match(seq[i], $0) > 0) {
            print header
            next
        }
    }

    print header
    print
}

Запуск:

$ awk -f script.awk file2 file1
1
GACGGAGGATGCAAGTGTTATCCGGAATCACTGGGCGTAAAGTTTTTTTTT
2
3
4
GACGGAGGATGCAAGTGTTATCCGGAATCACTGGGCCGTCCGTAG

Скрипт сначала считывает 2000 последовательностей из file2в массив seq,а затем читает заголовок из file1, за которым следует последовательность из file1(, используя getline). Затем он проходит через массив seq, чтобы найти последовательность, содержащую текущую последовательность из file1. Если такая последовательность найдена, печатается заголовок, и скрипт переходит к следующей строке в file1. В противном случае печатаются и заголовок, и последовательность.

Сценарий предполагает, что file1содержит чередующиеся строки заголовка и строки последовательности и абсолютно не содержит многострочной последовательности -.

Ниже приведен тот же сценарий, но с использованием СУХОГО принципа («Не повторяйся»):

NR == FNR       { seq[++n] = $1; next }

{
    header = $0
    getline

    found = 0
    for (i = 1; i <= n; ++i) {
        if (match(seq[i], $0) > 0) {
            found = 1
            break
        }
    }

    print header
    if (!found) print
}