Если вы действительно изучили код Docker для операции извлечения, я думаю, что ваш ответ там. Если образ контейнера не кэшируется, то при извлечении образа докер сначала собирает информацию об образе из реестра, например, количество слоев, размер каждого слоя и т. д. и т. д.
Я бы посоветовал прочитать этот файл.
https://github.com/moby/moby/blob/master/distribution/xfer/download.go
jdupes
можно настроить только для контрольной суммы первого блока данных в каждом файле с помощью опции -T
; таким образом, в вашем случае
jdupes -T -T -r -L /mnt/local
будет жестко -связывать все дубликаты, найденные в /mnt/local
,исходя только из их размера и хэшей первого блока.