Как полностью удалить Ubuntu?

Это общее awkрешение для разбора определенного именованного поля из поля атрибутов (9-й вкладки -поля с разделителями )файла в формате общих функций (] ГФФ):

BEGIN { OFS = FS = "\t" }

function get_attrib_by_name(key,  n,attrib,kv) {
    # Split the attribute field on semi-colons.
    n = split($9, attrib, ";")

    # Loop over the attributes and split each on "=".
    # When we've found the one we're looking for (by key name in "key"),
    # return the corresponding value.
    for (i = 1; i <= n; ++i) {
        split(attrib[i], kv, "=")
        if (kv[1] == key) {
            return kv[2]
        }
    }
}

# Using the above function.
{
    name = get_attrib_by_name("gene_name")
    print $0, name
}

Это можно использовать как

$ awk -f script.awk file.gff

, где script.awk— приведенный выше скрипт.

-3
05.06.2020, 17:15
0 ответов

Теги

Похожие вопросы