Вам нужно фактически установить Linux на виртуальную машину, а не просто загрузить Live-версию .
Живая версия -не является постоянной, что означает, что любые сделанные изменения будут потеряны при перезагрузке, т. е. установленные программы, созданные данные/файлы.
Вам необходимо выполнить весь процесс установки, который займет 5 -10 минут. После установки вы можете удалить установочный носитель и перезагрузить виртуальную машину, как обычно. Тогда любые изменения, сделанные после этого, будут постоянными.
Если вы используете Ubuntu, см. ubuntu live -USB не сохраняет настройки .