Этот обходной путь помог мне . Что я делаю сейчас, так это после выполнения масштабирования xrandr, я запускаю дополнительную команду, которая останавливает мерцание мыши.
xrandr --output eDP-1 --auto --output HDMI-2 --auto --scale 2x2 --right-of eDP-1 # Simpler oneliner scaling
xrandr --output eDP-1 --scale 0.9999x0.9999 # Stop flicker