Неизвестный файл PHP загружен на сервер EEC4D8E4439299046B8CDB3F782

Сbash:

#!/bin/bash

pep="AAAAAAAA"

pos=1
while [ "$pos" -le "${#pep}" ]; do
    for aa in A C D E F G H I K L M N P Q R S T V W X Y
    do
        printf '%s%s%s\n' "${pep:0:pos-1}" "$aa" "${pep:pos}"
    done
    pos=$(( pos + 1 ))
done

Внешний whileцикл проходит по позициям в заданной пептидной последовательности, и для каждой позиции действительные коды аминокислот помещаются в пептид один за другим в этой позиции (это использует расширение подстроки части пептид до соответствующего положения, вставляет измененную аминокислоту, а затем выполняет еще одно расширение подстроки для хвостового конца пептида ).