Использование openblas вместо blas ломает fltk

Я действительно не понимаю, почему переменная PROJECTне раскрывается должным образом в последней строке кода (, если только вы не ищете сгенерированный файл не в том месте ), но я вижу что вы неправильно двойные кавычки расширяете свои переменные. Отсутствие двойных кавычек может вызвать проблемы, если $PROJECTсодержит пробелы, символы новой строки или любой другой символ, характерный для оболочки.

Вы также прыгаете через множество обручей для чего-то, что можно было бы сделать с помощью одной awkпрограммы:

proj=$("temp/${proj}_selected_Bif"

Эта awkпрограмма читает два файла ${proj}_species.txtи ${proj}_genera.txt. При чтении первого файла его третий столбец используется для создания ключа в ассоциативном массиве или хеше species. Когда мы начинаем читать второй файл, нас интересуют только те строки, которые содержат строку Bifidobacteriumи второй столбец которых не является ключом в хеше species. Для этих строк мы выводим второй столбец.

Весь вывод идет на temp/${proj}_selected_Bif.

Обратите внимание на двойные кавычки всех раскрытий переменной proj. Я использовал имя переменной в нижнем регистре -, поскольку переменные в верхнем регистре -зарезервированы для системных переменных и переменных среды оболочки.

См. также

• Почему мой сценарий оболочки забивается пробелами или другими специальными символами?