Частичный ответ для VFAT
Для файловых систем ext *и xfs уже есть хорошие ответы. Но для VFAT я настоятельно рекомендую использовать mlabel пакета mtools. Использование шестнадцатеричных редакторов ОПАСНО.
Используйте что-то подобное, чтобы создать новый UUID:
echo 'drive d: file="/dev/sdb3" exclusive' >>/etc/mtools.conf
mlabel -n d: