Отменить текущую команду, но сохранить в историю

Правильный способ сохранения вывода команды в переменной:

VARIABLE="$(command)"

В качестве альтернативы, «старый способ» (обратите внимание на обратные кавычки):

VARIABLE=`command`

Вероятно, ваш код будет работать в таком виде (сам не проверял):

#!/bin/bash
VAR1="$(shuf -n 1 file | head -c 5)"
VAR2="$(shuf -n 1 file)"
FILE="data"

while IFS=" " read -r COL1 COL2; do
    echo "$VAR1 $VAR2 $COL1 $COL2"
done < "$FILE"