mysql_upgrade - Не удается создать базу данных "performance_schema"

Вывод ошибки говорит вам, что вы не можете писать в каталог /mnt/nfs/synology/websites(, то есть вы не можете создавать каталоги -и, возможно, даже файлы -внутри него ).

Пробный запуск сработал, потому что на самом деле он не пытался передать файлы, поэтому не возникло проблем с правами доступа.

Если вы используете sudo rsync..., вы (почти наверняка )обнаружите, что sudo mkdir /mnt/nfs/synology/websites/test.co.ukтакже не работает.

Между прочим, вы получите гораздо более эффективную передачу, если включите службу rsyncна Synology NAS и будете использовать ее вместо передачи через NFS.

Для начала имейте в виду, что, поскольку вы используете rsyncдля копирования из одной части файловой системы локального хоста в другую часть , которая выглядит как файловая система локального хоста, она не будет использовать свою дифференциальный алгоритм для передачи только изменений содержимого файлов. Вместо этого он будет смотреть на размер файла и время модификации, и если они отличаются, он скопирует файл целиком.

Включение службы Synology NAS rsync(или rsyncповерх ssh, если возможно ), инструмент будет работать в режиме клиента -сервера, где он может проверять и передавать только изменения в файлы.