Можно использовать команду readlink для обнаруживания/проверения то, на что (теперь поврежденный) первоначально указала ссылка, и затем согласуйте ее для указания на то, что новое имя/местоположение файла. Или Вы могли сделать свой файл, переименовывающий только через сценарий оболочки, который переименовывает файл и ищет и исправляет любые ссылки, которые указывают на него. Так или иначе Вы были бы так что-то вроде этого:
find . -type l | while read L
do
if readlink $L | grep -q "^$OLDNAME\$"
then
ln -sf $NEWNAME $L
fi
done
Однако при выполнении этого все время затем, символьные ссылки, вероятно, не, что необходимо использовать.
У Вас есть доступ к Вашим журналам веб-сервера? Проверьте последние несколько строк, это скажет, какой файл это не может считать. Это не связано с Вашим config.inc.php файлом, я думаю, просто необходимо настроить полномочия. Проверьте phpMyAdmin каталог (должен быть 755), и index.php (должен быть 644).
У Вас есть проблемы разрешения файла.
Страница на ссылке, которую Вы доказали, имеет информацию о полномочиях файла установить: