Являются ли эти файлы безопасными или могут возникнуть проблемы в будущем?

При копировании файлов с устройства с поврежденной файловой системой вы можете получить действительные или поврежденные файлы. Но действительные файлы не будут «гнить» со временем, если вы сохраните их в функционирующей файловой системе.

Вы должны использовать ddrescueдля восстановления файлов, а затем стереть (или выбросить )неисправный флэш-накопитель.