Как искать в PDF аннотации, правки и другие пометки обзора?

Без awk некоторая (не очень хорошая )возможность может состоять в том, чтобы отформатировать секунды с помощью dateи обрезать оставшиеся мс с помощьюsed:

$ DATE="15:29:58.498621"
$ echo $(date +%s --date="$DATE" --utc).$(echo $DATE | sed -r "s/.*\.([0-9]{3}).*/\1/g")
1499441398.498